除了日常清洁外，洁净车间还需要定期进行消毒工作，以杀灭车间内的微生物，确保产品的无菌状态。消毒措施包括：化学消毒剂：使用符合卫生标准的化学消毒剂，对车间内的地面、墙面、设备表面等进行喷洒或擦拭消毒。消毒剂的选择应根据车间内微生物的种类和数量，以及产品的特性来确定。紫外线消毒：利用紫外线灯的辐射作用，对车间内的空气和物体表面进行消毒。紫外线消毒具有高效、快速、无残留等优点，但需要注意紫外线的辐射强度和照射时间，避免对人体造成伤害。臭氧消毒：通过臭氧发生器产生臭氧气体，对车间内的空气进行消毒。臭氧具有强氧化性，能够破坏微生物的细胞结构，达到杀灭微生物的目的。但需要注意臭氧的浓度和消毒时间，避免对人体和环境造成负面影响。
客户在选择合作伙伴时，通常会特别询问洁净车间的温湿度控制要求。为了确保产品制造过程不受温湿度影响，洁净车间会根据客户的产品特性和制造要求，制定相应的温湿度控制标准。温度控制：根据产品制造要求，洁净车间的温度通常控制在一定范围内，如20℃±2℃或22℃±5℃等。对于对温度要求极高的产品，如半导体芯片，温度控制精度甚至可达±0.1℃。湿度控制：湿度控制同样重要，洁净车间的湿度通常控制在一定范围内，如40%-60%RH或50%±10%RH等。对于需要无菌环境生产的产品，如生物药品，湿度控制更为严格，以防止微生物滋生。
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